L’Autorité dispose en son sein trois organes :
un Conseil d’Administration dont le président est nommé par Décret par le Président de la République ;

une Direction Générale chargée de la gestion et de l’application de la politique générale de l’Autorité ; les responsables sont nommés par le Conseil d’Administration et le Comité consultatif ;

un Comité consultatif pour les prix et les redevances des produits pétroliers et dérivés qui est en charge d’harmoniser les avis des administrations publiques, des opérateurs économiques et des consommateurs.

Le conseil d’Administration dispose des pleins pouvoirs pour administrer l’Autorité, définir et orienter sa politique générale, et évaluer sa gestion dans les limites fixées par son objet social.

Le Conseil d’Administration fixe les objectifs et approuve les programmes d’actions. Le conseil d’Administration approuve le budget et arrête de manière définitive les comptes et états financiers annuels et les rapports d’activités.

Le conseil d’Administration approuve les contrats de performances de l’Autorité et approuve es conventions avec les tiers, y compris celles relatives aux emprunts ayant une incidence sur le budget.

Ce dernier autorise les prises de participations dans les sociétés, les associations, les groupements et autres organisme professionnels, dont l’activité est nécessairement liée aux missions de l’Autorité

Le Comité consultatif  pour les prix et redevances des produits pétroliers et dérivés est chargé de recueillir les avis des administrations publiques, des opérateurs économiques et des consommateurs sur les prix.

La Direction Générale soumet à l’adoption du Conseil d’Administration les projets d’organigramme et de règlement intérieur, ainsi que la grille des rémunérations et des avantages des personnels ;

Prépare le budget dont il est le seul ordonnateur, les rapports d’activités, ainsi que les comptes et les états financiers qu’elle soumet au conseil d’Administration pour approbation et arrêt ;

Prépare les délibérations du Conseil d’Administration, et exécute les décisions ;

Assure la Direction technique, administrative et financière de l’Autorité. Représente l’Autorité dans tous les actes de la vie civile et en justice.